Del primitivo edificio sólamente se conserva en la actualidad una tercera parte, aproximadamente, pues en el siglo XIII o principios del XIV un corrimiento de tierras lo arrasó parcialmente. De entonces data la improvisada cabecera que hoy ejerce las funciones de capilla.

      El vestíbulo y el arranque de las tres naves es lo que queda de la primitiva planta. Sobre el vestíbulo se halla la tribuna real, a la que se asciende por angostas escaleras, y en la tribuna hay dos pequeñas estancias, a sendos lados, posiblemente para descanso del rey y de la reina, en ceremonias largas. Sobre la tribuna hay otra pequeña estancia , que no tiene acceso. Las cubiertas son de bóveda de medio cañón formuladas en tramos que alternan sus ejes entre sí -transversal y longitudinal- y, propio tiempo, con los de la nave central.

      En las jambas de la puerta de ingreso hay dos relieves en piedra que reproducen motivos de un díptico bizantino del siglo VI. La separación de las naves se efectúa por medio de arcos que descansan en grandes columnas con capiteles y basas decoradas, estas últimas muy ariginales e historiadas. Hay muchos detalles decorativos escultóticos, en los que es evidente la influencia lombarda.






      Los muros estuvieron decorados con pinturas murales, con clara evolución en sus composiciones con respecto a las inmediatamente anteriores de San Julián de los Prados, ya que se abandona toda servidumbre a la pintura decorativa romana, introduciéndose escenas en las que la figura humana representa el papel principal.

      Estas representaciones reciben también una evidente influencia lombarda. En el muro S. de la Nave S., quedan restos de un mural en el que trato de identificar una representación de la Sagrada Familia, y en el muro E., de la misma nave, a unos seis metros de altura, quedan restos de otra figura, que descubrí hace años, con traje amarillo y manto oscuro, que tañe un instrumento musical parecido a un laúd.

      La figura humana en las pinturas de San Miguel de Lillo tiene, también, otro especial interés, puesto que se trata de las primeras del arte pictórico español de la España nacionalizada. Hay también restos de la decoración de las bóvedas.

IV  Ser un ejemplo sobresaliente de un tipo de edificio o de conjunto arquitectónico o tecnológico, o de paisaje que ilustre una etapa significativa o etapas significativas de la historia de la humanidad.